Спирулина является функциональной пищей, которая питает полезную кишечную флору, особенно Lactobacillus и Bifidus. Поддержание здоровой популяции этих бактерий в кишечнике уменьшает потенциальные проблемы от условно-патогенных микроорганизмов. Исследования показали, что спирулина увеличивает количество лактобацилл и может увеличить эффективное усвоение витаминов из всей диеты. Кроме того, спирулина оказывает стимулирующее действие на молочнокислые бактерии и проявляет сильную антибактериальную активность против патогенных бактерий.